紀(jì)念館與美國(guó)內(nèi)布拉斯加大學(xué)華人教授陸束屏合作，出版了《日軍南京暴行：德國(guó)外交文件中記載的南京大屠殺與劫后社會(huì)狀況》。該書(shū)收錄了德國(guó)外交官在南京大屠殺發(fā)生后發(fā)往德國(guó)外交部和德國(guó)駐華大使館的電報(bào)、信件、報(bào)告等外交文件，詳細(xì)記錄了日軍暴行和1938年初南京及周邊地區(qū)的情況。
紀(jì)念館副館長(zhǎng)凌曦表示，這些德國(guó)外交文件是第一手有關(guān)日軍暴行的目擊證詞，比美國(guó)和英國(guó)文件中的描述更為詳細(xì)，有些內(nèi)容是其他國(guó)家外交官?zèng)]有記錄的，具有重要的史料價(jià)值。
紀(jì)念館還關(guān)注細(xì)菌戰(zhàn)問(wèn)題，資助出版了《侵華日軍細(xì)菌戰(zhàn)在麗水（1942-1944）》。該書(shū)整理了日軍在浙江麗水發(fā)起的細(xì)菌戰(zhàn)及導(dǎo)致疫病流行的情況，收錄了100多位麗水細(xì)菌戰(zhàn)幸存者的口述內(nèi)容，記錄了麗水民間人士對(duì)細(xì)菌戰(zhàn)的調(diào)查，揭露日軍實(shí)施細(xì)菌戰(zhàn)的罪行。
2018年起，紀(jì)念館聯(lián)合中國(guó)第二歷史檔案館、江蘇省社科院、南京師范大學(xué)等，深入開(kāi)展南京保衛(wèi)戰(zhàn)專題研究。發(fā)布會(huì)當(dāng)天還推出了幾本與南京保衛(wèi)戰(zhàn)相關(guān)的新書(shū)，包括《南京城防保衛(wèi)戰(zhàn)》《南京保衛(wèi)戰(zhàn)老兵口述史》和《南京保衛(wèi)戰(zhàn)中方報(bào)紙報(bào)道（1937—1938）》。
其中，《南京城防保衛(wèi)戰(zhàn)》一書(shū)的作者運(yùn)用中國(guó)第二歷史檔案館檔案，詳細(xì)分析了南京保衛(wèi)戰(zhàn)的發(fā)生背景、準(zhǔn)備過(guò)程、決策形成以及南京保衛(wèi)戰(zhàn)的具體過(guò)程，反映了中國(guó)官兵英勇抗戰(zhàn)、為國(guó)捐軀的抗戰(zhàn)精神。
